一种用于茄子基因分型的SNP标记组合及其应用

本发明属于分子遗传，具体涉及一种用于茄子基因分型的snp标记组合及其应用。

背景技术：

1、茄子(solanum melongena l)属茄科(solanaceae)茄属(solanum l)，是重要蔬菜。茄子具有较强的杂种优势，因此对已知种质资源进行精准鉴定、分类对于杂种优势的利用有着重要的意义。

2、snp(single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性)作为第三代标记因为在基因组上分布广、密度高、稳定性及准确性高的特点而得到越来越广泛的应用。高通量检测snp的技术主要有基于测序技术的检测平台和基于芯片技术的检测平台，snp芯片由于标记位点的可控性、操作的便利性和结果的可靠性而成为基因组育种过程中的重要工具。

3、中国专利cn118374628a公开了一种用于构建茄子品系分群的snp分子标记组合，所述snp分子标记组合包含有1009个snp分子标记，在茄子12条染色体上均匀分布。中国专利cn118497396a公开了一组可准确区分茄子品系的snp标记组合，所述snp分子标记组合包含有147个snp分子标记，在茄子12条染色体上均匀分布，多态性较高。但是上述专利所提供snp分子标记组合依旧无法确定具体茄子的基因分型，因此，亟需提供一组snp标记组合能实现茄子品种具体基因分型的确定，从而通过基因编辑或分子育种策略实现对植物特定性状的精准改良，加速植物育种的进程。

技术实现思路

1、鉴于此，本发明提供一种用于茄子基因分型的snp标记组合及其应用，该标记组合包括49851个snp标记。49851个标记均匀分布于茄子全基因组各条染色体上，利用液相捕获技术检测茄子样本，可以精准检测出目标snp标记。

2、为达到上述目的，本发明采用以下技术方案：

3、本发明目的之一在于提供一种用于茄子基因分型的snp标记组合，所述snp分子标记组合包含有49851个snp分子标记，所述49851个snp位点的物理位置是基于茄子guiqie-1(s.melongena)基因组序列对比确定的，具体snp分子标记情况详见实施例1中表1。

4、本发明目的之二在于提供一种茄子芯片，所述芯片包含用于检测上述snp分子标记的引物组和/或液相探针。

5、本发明目的之三在于提供一种试剂盒，所述试剂盒包括用于检测上述snp分子标记的引物组和/或液相探针。

6、本发明目的之四在于利用上述snp分子标记，或上述茄子芯片，或上述试剂盒在茄子基因分型中的应用。

7、本发明目的之五在于利用上述snp分子标记，或上述茄子芯片，或上述试剂盒在茄子遗传多样性分析、品种鉴定、背景筛选及分子标记辅助育种、基因定位任一项中的应用。

8、与现有技术相比，本发明的有益效果为：

9、本发明提供的一组用于茄子基因分型的snp标记共计49851个，49851个标记均匀分布于全基因组各条染色体上，利用液相捕获技术检测茄子样本，可以精准检测出目标snp标记；样本捕获snp位点的比例在99.25-99.70％之间，样本测序深度在59.25-80.51之间。snp标记对应液相探针捕获位点数多、捕获率高，可用于茄子各种场景分析。

技术特征：

1.一种用于茄子基因分型的snp标记组合，其特征在于，所述snp分子标记组合包含有49851个snp分子标记，所述49851个snp位点的物理位置是基于茄子guiqie-1(s.melongena)基因组序列对比确定的，具体snp分子标记情况如说明书表1所示。

2.一种茄子芯片，其特征在于，所述芯片包含用于检测权利要求1所述snp分子标记的引物组和/或液相探针。

3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括用于检测权利要求1所述snp分子标记的引物组和/或液相探针。

4.权利要求1所述snp标记组合，或权利要求2所述茄子芯片，或权利要求3所述试剂盒在茄子基因分型中的应用。

5.权利要求1所述snp标记组合，或权利要求2所述茄子芯片，或权利要求3所述试剂盒在茄子遗传多样性分析、品种鉴定、背景筛选及分子标记辅助育种、基因定位任一项中的应用。

技术总结
本发明提供一种用于茄子基因分型的SNP标记组合，所述SNP分子标记组合包含有49851个SNP分子标记，所述49851个SNP位点的物理位置是基于茄子GUIQIE‑1(S.melongena)基因组序列对比确定的，具体SNP分子标记情况如说明书表1所示。所述SNP标记对应液相探针捕获位点数多、捕获率高，样本捕获SNP位点的比例在992.5‑99.70％之间，样本测序深度在59.25‑80.51之间，可用于茄子各种场景分析。

技术研发人员：王益奎,余楚英,李韦柳,杨其洪,蒋雅琴,甘桂云,蔡梁玉,李文嘉,何小艳
受保护的技术使用者：广西壮族自治区农业科学院
技术研发日：
技术公布日：2024/12/5