一种鉴定临高猪品种的特异SNP位点组合及应用
本发明属于分子生物学鉴定领域，具体涉及一种鉴定临高猪品种的特异snp位点组合及应用。
背景技术：
1、临高猪是主要分布在海南省临高县的一个海南特色品种猪，属于肉脂兼用的猪种，是海南猪的其中一个重要类群。以临高乳猪制成的烤乳猪是海南省的特色美食，具有皮薄脆、肉香嫩，味香、骨酥的特点。
2、临高猪虽久负盛名，但近年来受外来地方猪种对海南生猪市场的冲击及非洲猪瘟等因素的影响，纯种临高猪数量锐减，开展临高猪特色遗传资源的研究，促进纯种临高猪的群体保护，对我国生猪种业的特色发展及种质资源库的多样性的维持具有重要意义。在长期的选育过程中，临高猪群体基因组中已形成独特的遗传标记，利用这些遗传标记可实现对纯种临高猪的精准鉴定。
3、单核苷酸多态性（snp，single nucleotide polymorphism）是最常见的遗传变异形式之一，广泛存在于生物基因组中，也是在基因组中最常见的遗传标记。全基因组关联分析（genome wide association study，gwas）及选择信号分析是鉴别生物群体特异snp位点的有效方法，两者相结合可进一步实现生物群体选育过程中形成的特异snp位点的精准鉴定。利用临高猪群体特有snp标记在基因层面对纯种临高猪的精准鉴定，对海南临高猪的遗传资源精准保护具有重要意义。
技术实现思路
1、为了克服现有技术的不足和缺点，本发明的首要目的在于提供一种鉴定临高猪品种的特异snp位点组合。
2、本发明的另一目的在于提供上述特异snp位点组合的应用。
3、本发明的再一目的在于提供一种快速鉴定临高猪品种的方法。
4、本发明的目的通过下述技术方案实现：
5、一种鉴定临高猪品种的特异snp位点组合，包含61个snp位点，命名为snp位点1-61，所述的61个snp位点的物理位置基于猪的参考基因组sscrofa11.1进行序列对比而确定，所述的61个snp位点的位置信息及变异信息如下所示：
6、snp1位于1号染色体64741370bp处，其突变类型为a/g；
7、snp2位于1号染色体64771316bp处，其突变类型为g/a；
8、snp3位于1号染色体139752887bp处，其突变类型为c/g；
9、snp4位于1号染色体169195974bp处，其突变类型为c/a；
10、snp5位于1号染色体169215989bp处，其突变类型为a/g；
11、snp6位于1号染色体174613413bp处，其突变类型为g/c；
12、snp7位于1号染色体174623001bp处，其突变类型为t/a；
13、snp8位于1号染色体177743150bp处，其突变类型为a/g；
14、snp9位于1号染色体177836119bp处，其突变类型为a/c；
15、snp10位于1号染色体177836752bp处，其突变类型为t/c；
16、snp11位于1号染色体177839657bp处，其突变类型为c/t；
17、snp12位于1号染色体177937653bp处，其突变类型为a/g；
18、snp13位于1号染色体180517146bp处，其突变类型为t/c；
19、snp14位于1号染色体195820383bp处，其突变类型为a/g；
20、snp15位于1号染色体232406920bp处，其突变类型为a/g；
21、snp16位于1号染色体239555243bp处，其突变类型为a/g；
22、snp17位于1号染色体239558549bp处，其突变类型为g/a；
23、snp18位于1号染色体251247152bp处，其突变类型为a/g；
24、snp19位于1号染色体251431877bp处，其突变类型为a/t；
25、snp20位于3号染色体52507435bp处，其突变类型为a/g；
26、snp21位于3号染色体58390334bp处，其突变类型为g/a；
27、snp22位于3号染色体67522705bp处，其突变类型为a/c；
28、snp23位于3号染色体74217990bp处，其突变类型为c/g；
29、snp24位于3号染色体74236906bp处，其突变类型为a/g；
30、snp25位于3号染色体74250167bp处，其突变类型为g/t；
31、snp26位于3号染色体97670783bp处，其突变类型为t/c；
32、snp27位于5号染色体6273646bp处，其突变类型为t/c；
33、snp28位于5号染色体6274307bp处，其突变类型为g/a；
34、snp29位于6号染色体27586453bp处，其突变类型为a/g；
35、snp30位于6号染色体27588641bp处，其突变类型为t/g；
36、snp31位于6号染色体43834831bp处，其突变类型为a/g；
37、snp32位于6号染色体49174531bp处，其突变类型为a/g；
38、snp33位于6号染色体52193534bp处，其突变类型为a/c；
39、snp34位于6号染色体52261602bp处，其突变类型为g/c；
40、snp35位于6号染色体60450201bp处，其突变类型为a/g；
41、snp36位于6号染色体60476486bp处，其突变类型为a/g；
42、snp37位于6号染色体73469548bp处，其突变类型为t/c；
43、snp38位于6号染色体73700901bp处，其突变类型为g/t；
44、snp39位于6号染色体91187771bp处，其突变类型为c/t；
45、snp40位于6号染色体96273650bp处，其突变类型为a/g；
46、snp41位于6号染色体117205220bp处，其突变类型为c/a；
47、snp42位于6号染色体117208990bp处，其突变类型为a/g；
48、snp43位于8号染色体41997361bp处，其突变类型为a/t；
49、snp44位于8号染色体77471304bp处，其突变类型为c/a；
50、snp45位于12号染色体37767893bp处，其突变类型为t/c；
51、snp46位于13号染色体12560079bp处，其突变类型为t/c；
52、snp47位于13号染色体12590411bp处，其突变类型为c/t；
53、snp48位于13号染色体41667743bp处，其突变类型为a/t；
54、snp49位于13号染色体41713399bp处，其突变类型为t/c；
55、snp50位于13号染色体160260817bp处，其突变类型为c/t；
56、snp51位于13号染色体160263953bp处，其突变类型为t/c；
57、snp52位于14号染色体87138547bp处，其突变类型为a/g；
58、snp53位于14号染色体87149779bp处，其突变类型为g/a；
59、snp54位于17号染色体7519609bp处，其突变类型为c/t；
60、snp55位于17号染色体14497486bp处，其突变类型为t/c；
61、snp56位于17号染色体22299687bp处，其突变类型为a/g；
62、snp57位于17号染色体22305057bp处，其突变类型为t/a；
63、snp58位于18号染色体3820648bp处，其突变类型为a/g；
64、snp59位于18号染色体46306767bp处，其突变类型为c/t；
65、snp60位于18号染色体46309848bp处，其突变类型为c/t；
66、snp61位于18号染色体53236225bp处，其突变类型为t/c。
67、所述的特异snp位点组合在鉴定临高猪品种中的应用；
68、一种检测上述特异snp位点组合的产品在鉴定临高猪品种中的应用；
69、所述的产品为试剂、试剂盒或基因芯片等；
70、所述的试剂包括引物、探针等中的至少一种；
71、一种用于鉴定临高猪品种的分子探针组合，该分子探针组合靶向上述特异snp位点组合，用于检测上述特异snp位点组合；
72、一种用于鉴定临高猪品种的基因芯片，该芯片负载有上述分子探针组合；
73、一种快速鉴定临高猪品种的方法，优选包含如下步骤：
74、（1）采集待测猪的组织样本，并进行dna的提取，获得待测猪的dna样本；
75、（2）对步骤（1）获得的待测猪的dna样本进行基因测序，获得待测猪的基因型数据；
76、（3）将步骤（2）获得的待测猪的基因型数据与已知临高猪群体和对照群体的基因型数据进行合并，并提取上述特异snp位点组合（61个snp位点）的基因型数据，将合并提取后的基因型数据进行主成分分析，通过r语言ggplot2包实现主成分分析图的可视化并判断待测猪是否为临高猪；
77、步骤（2）中所述的dna样本需先进行质检，质检合格后再进行基因测序；
78、步骤（3）中所述的已知临高猪群体为多头（≥15头）纯种临高猪组成的群体，可以为实施例中的临高猪组成的群体，也可以是自行选定的临高猪组成的群体，或者是在公共数据库中的临高猪群体；
79、步骤（3）中所述的对照群体为多头（单个品种群体≥5头，整个群体≥30头）非临高猪的其它猪群体，可以为实施例中的对照组群体，也可以是自行选定的其它非临高猪群体，或在公共数据库中的非临高猪群体；
80、所述的对照群体优选为定安猪、屯昌猪、五指山猪、巴马香猪、滇南小耳猪、二花脸猪、梅山猪、安庆猪、民猪、藏香猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪和亚洲野猪中的至少一种；
81、步骤（3）中所述的提取和合并优选采用plink软件进行；
82、步骤（3）中所述的判断的方法为：
83、当主成分分析结果显示待测猪与已知临高猪群体的遗传距离接近，即聚为一簇时，待测猪为临高猪；反之，则为其他品种猪。
84、本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果：
85、（1）为了在开展临高猪的选育过程中实现对纯种临高猪的快速精准鉴定，本发明基于重测序数据，通过全基因组关联分析结合选择信号分析的方式获得了一种鉴定临高猪品种的特异snp位点组合，该方法进一步提高了鉴定特异snp位点组合的准确性。所筛选的特异snp位点组合在临高猪的品种鉴定中更为可靠。
86、（2）本发明提供的snp位点组合特异性强，可用于临高猪纯种猪科学精准的鉴定及遗传关系分析，有利于促进海南特色地方猪的品种保护及开发利用。
87、（3）本发明提供了一种快速鉴定临高纯种猪品种的方法，该方法利用基因组学及生物信息学技术实现纯种临高猪的精准鉴定，对临高猪的品种保护从基因层面提供了有效的科学依据。
技术特征：
1.一种鉴定临高猪品种的特异snp位点组合，其特征在于包含61个snp位点，命名为snp位点1-61，所述的61个snp位点的物理位置基于猪的参考基因组sscrofa11.1进行序列对比而确定，所述的61个snp位点的位置信息及变异信息如下所示：
2.权利要求1所述的特异snp位点组合在鉴定临高猪品种中的应用。
3.一种检测权利要求1所述的特异snp位点组合的产品在鉴定临高猪品种中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：
5.一种用于鉴定临高猪品种的分子探针组合，其特征在于所述的分子探针组合靶向权利要求1所述的特异snp位点组合，用于检测权利要求1所述的特异snp位点组合。
6.一种用于鉴定临高猪品种的基因芯片，其特征在于所述的基因芯片负载有权利要求5所述的分子探针组合。
7.一种快速鉴定临高猪品种的方法，其特征在包含如下步骤：
8.根据权利要求7所述的快速鉴定临高猪品种的方法，其特征在于：
9.根据权利要求7所述的快速鉴定临高猪品种的方法，其特征在于：
10.根据权利要求7所述的快速鉴定临高猪品种的方法，其特征在于：
技术总结
本发明属于分子生物学鉴定领域，具体涉及一种鉴定临高猪品种的特异SNP位点组合及应用。所述的特异SNP位点组合基于全基因组关联分析结合选择信号分析的方法筛选得到，包含61个SNP位点，物理位置基于猪的参考基因组Sscrofa11.1进行序列对比而确定。该特异SNP位点组合可在基因层面对临高猪独特遗传特征的精准鉴定，并用于海南临高猪的遗传资源精准保护。
技术研发人员：李新建,周身娉,李梦雨,辛文水,段栋栋,王振宇,韩锦仪,符云桃
受保护的技术使用者：海南省农业科学院三亚研究院（海南省实验动物研究中心）
技术研发日：
技术公布日：2024/12/5